「ファントム」という邪悪な生き物が存在している世界で、アリアは廃教室で目を覚まし、自分の記憶が何も残っていない状態でいた。唯一の手掛かりはポケットの中に入っていたマリオン魔法学園の学生証。果たしてアリアは、自分の記憶を取り戻すと同時に、ファントムが住み着いている学園を脱出できるのか？

敵との戦闘、生存者との遭遇、その他様々なイベントで手に入るカードであなただけのデッキを構築しましょう。

ただし、本作は多くのカードゲームと異なり、戦闘ではランダムにカードを引くわけではありません。各カードのクールダウンをしっかり意識して、迅速に、効率的に敵を殲滅しましょう。

初心者からベテランまで楽しめる様々な難易度の冒険モードをプレイしながらストーリーを楽しんだり、いろんなボスと戦えるアーケードモードをプレイすることで様々なご褒美を入手できます。また、カスタムモードで自分だけのチャレンジをつくることもできます。

前作との最大の違いは、クラスシステムの存在です。基本的な「ブレード」クラスに慣れたら、「メイジ」クラスにもチャレンジしてみてください。クラスごとにユニークなカードと異なるプレイスタイルを用意しています。

『ファントムローズ２ サファイア』では数多くのキャラクターに出会えます。探索し、生存者を見つけ、その物語を収集しましょう。様々なイベントで慎重に選択することが、あなたの旅の手助けとなるでしょう。

ファントムを撃破したり、生徒たちを救うことで様々なカードや強力なアイテムが手に入ります。