「生命をもった宝石箱を、つくってみたいとは思いませんか？」

真夜中は星づくよは、主人公の橘はももるが不思議な「星見盤」を使って天体を育成する
星空育成シミュレーションゲームです。

主人公の橘はももるは
生真面目で苦労性な性格の牧師。
京都に観光旅行に来たはももるは、
宿の近くの神社の夜祭りを見物に出かけた。
そこで名物の団子を手にしてご満悦のはももるは、
ふらふらと歩き回り、
やがて参道をそれて深い森へと迷い込んでしまう。

深い森の奥、奇妙な三本柱の鳥居のもとで、
はももるは怪しげな理学生新郷宙也と出会う。
新郷ははももるに、中で星を浮かべ育てることが
できるという「星見盤」を見せ、
一緒に星作りをしないかと誘う。
一旦は断るはももるだが、財布を
なくしていることに気づき途方に暮れてしまう。

結局、当面の下宿を紹介するという
新郷の助け船に従い、
その礼としてはももるは新郷の「研究」に
協力することになった。
新郷が言うには星作りによって星見盤で生まれる
エネルギイは、未解明の現象により京の街中に
分配される可能性があるという。
その現象を確かめるため、
はももると新郷は星作りを進めながら
星見盤と京の街中を往復する事になったのだった…